در دنیایی که شیمی و جادو در آن آمیخته شده است، دو برادر به نام‌های ادوارد و الفونسو الریک، دست به آزمایشی خطرناک می‌زنند تا مادرشان را که به تازگی از دنیا رفته است، زنده کنند. اما این آزمایش به طرز غم‌انگیزی به شکست می‌انجامد و جسم ادوارد مورد آسیب جدی قرار می‌گیرد و الفونسو نیز ناپدید می‌شود. حالا ادوارد با بازوی مکانیکی و الفونسو که روحش درون زرهی محبوس شده، در جستجوی چشمه فلسفه، یک شی جادویی قدرتمند، هستند تا جبران اشتباه خود را بکنند و خانواده خود را دوباره به هم پیوند بزنند.